В соответствии с Уставом в Военном учебно-научном центре ВМФ «Военно-морская академия имени Адмирала Флота Советского Союза Н.Г.Кузнецова» для рассмотрения важнейших задач ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» созданы выборные представительные органы коллегиального управления: ученый совет ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» и - на основании его решений - ученые советы (учебно-методические секции) структурных подразделений, центров, филиалов и факультетов ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия».
Выборы членов ученого совета ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» проводятся тайным голосованием на конференциях руководящего, научно-педагогического состава, представителей других категорий постоянного и переменного состава ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия».
Работа ученого совета ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» строится на основе годового плана на учебный год, который утверждается начальником ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия».
Заседание ученого совета проводится под руководством председателя ученого совета – начальника ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» или в случае его отсутствия – заместителя председателя ученого совета. Члены ученого совета участвуют в заседании лично, без права замены.
На ученый совет ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» возлагается рассмотрение:
- проектов основных и дополнительных образовательных программ;
- планов мероприятий по основным направлениям деятельности ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия»;
- состояния учебной, воспитательной, методической работы и воинской дисциплины, организации и итогов приема на учебу обучающихся, адъюнктов, докторантов и выпуска офицеров из ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия»;
- результатов научной работы, педагогических исследований и экспериментов, состояния подготовки и аттестации научно-педагогических и научных кадров;
- вопросов редакционно-издательской деятельности, состояния, перспектив развития учебно-материальной базы и других вопросов, связанных с деятельностью ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия».
Ученый совет обсуждает и принимает решения:
- о внесении на обсуждение конференции руководящего, научно-педагогического состава и представителей других категорий постоянного и переменного состава ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» предложений по изменению и дополнению действующего Устава ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия»;
- о приеме офицеров в военную докторантуру;
- о переводе преподавателей на должности старших научных сотрудников для завершения работы над докторскими диссертациями;
- о предоставлении творческих отпусков соискателям ученой степени для завершения диссертаций;
- о допуске к научному руководству подготовкой адъюнктов кандидатов наук соответствующей специальности;
- об утверждении тем докторских и кандидатских диссертаций и развернутых планов подготовки докторских диссертаций;
- о целесообразности продолжения подготовки в военной докторантуре, адъюнктуре и продления срока соискательства;
- об итогах завершения подготовки докторантов и адъюнктов;
- о представлении в установленном порядке руководящего и научно-педагогического состава к присвоению ученых званий, о присвоении звания «Почетный профессор ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия»;
- о выдвижении кандидатов в соответствующие академии наук, на присвоение государственных почетных званий, на соискание государственных премий, а также для назначения именных и других персональных стипендий.
Ученый совет ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» проводит выборы по конкурсу на замещение офицерами вакантных должностей профессорско-преподавательского состава и научных работников, выборы заведующих кафедрами, конкурсное избрание претендентов на вакантные должности научно-преподавательского состава, замещаемые гражданскими лицами.
В своей деятельности ученый совет ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» руководствуется законодательством Российской Федерации, нормативными и распорядительными актами Министерства образования и науки РФ, Министерства обороны РФ, Уставом ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия», Положением об ученом совете ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия».
Организационно-техническое обеспечение деятельности ученого совета ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» осуществляет секретариат ученого совета. В работе секретариата ученого совета ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» участвуют ученые секретари ученых советов филиала, институтов, центров и факультетов.
С 2023 года главным ученым секретарем ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» является кандидат военных наук, доцент полковник Халанский Андрей Анатольевич.